الف) اهداف اساسی سازمان:

حفظ كشور از ورود، استقرار و پراكنش آفات و بيماريهاي قرنطينه¬اي با اتخاذ تدابير و خط¬مشي هاي مناسب.
ب) وظایف اساسی سازمان:
تعيين سياست ها وخط مشي هاي سازمان حفظ نباتات درچارچوب استراتژي ها و سياستهاي وزارت جهاد كشاورزي
برنامه ريزي، سياستگذاري، هدايت و نظارت بر عمليات پيشگيري و مهار آفات
برنامه ريزي به منظور كاهش ضايعات ناشي از خسارت آفات بر محصـــولات كشاورزي و فرآورده هاي آنها.

مشاركت، همكاري و هماهنگي با ساير ارگانهاي ذيربط به منظور تأمين وحفظ بهداشت و سلامت محصولات كشاورزي و فرآورده هاي گياهي.
برنامه ريزي و مبارزه با آفات عمومي و قرنطينه اي و مشاركت در مبارزه با آفات همگاني.
تدوين دستور العمل مهار آفات خصوصي در چارچوب خط ومشي هاي كلي سازمان حفظ نباتات و تلاش در جهت ترويج و نيز نظارت برحسن اجراي آنها.
مطالعه و بررسي جايگاه و اهميت هر يك از روشهاي، زراعي، مكانيكي، فيزيكي، شيميايي و بيـولوژيك در كنترل هر يك از آفات مهم در قالب مديريت تلفيقي.
مطالعه و برنامه ريزي و گسترش روش ها و شبكه هاي مراقبت و پيش آگاهي به منظور مقابله و مهار مؤثرتر و به موقع آفات
مطالعه و برنامه ريزي به منظور مهار آفات مزارع، باغها با توسعه وگسترش روش هاي غير شيميايي و كاربرد مواد وعوامل بيولوژيك و استفاده بهينه از سموم شيميايي با رعايت اصول و مباني زيست محيطي.
هدايت برنامه هاي كنترل آفات نباتي با استفاده علمي و موزون از كليه روش هاي توصيه شده با رويكرد مديريت تلفيقي آفات (I.P.M)
مطالعه، سياستگذاري، برنامه ريزي و تدوين شاخص هاي كنترل كيفيت سموم به منظور ثبت سموم كم خطر و اختصاصي، حذف سموم پر خطر و وسيع الطيف از ليست سموم مجاز كشور.
نظارت دقيق بر واردات، توليد و فرموله كردن، توزيع، فروش ومصرف و صادرات سموم آفت كش¬ها.
مطالعه وبررسي مستمر به منظور ثبت سموم جديد و حذف سموم پرخطر از فهرست سموم مجاز كشور.
انتشار ساليانه فهرست سموم مجاز كشور.
نظارت مستمر بر كنترل كيفي سموم آفت كش¬هاي مجاز از طريق روش¬هاي آزمايشگاهي و مزرعه¬اي.
نظارت  برفعاليت كارخانه هاي توليد كننده تكنيكال سموم (ماده مؤثره سموم) كارخانه هاي فرموله كننده سموم وفروشگاه هاي مجاز سموم آفت كش، آ‍ز مايشگاه¬هاي گياه¬پزشكي وشركت¬ها وموسسات دفع آفات نباتي.
تحليل و ارزيابي خطر آفات قرنطينه اي.

 سیاست گذاری و برنامه ریزی برای اجرای موازین بهداشت گیاهی و اجرای مفاد کنوانسیون بین المللی حفظ نباتات                  
مشاركت فعال در اجراء مفاد پروتكل ايمني زيستي در چارچوب وظايف سازمان حفظ نباتات.
نظارت وتدبير مؤثر براي جلوگيري از گسترش و ورود آفات و فرآورده هاي گياهي به كشور و ترويج اقدامات مناسب براي كنترل آنهاتهيه وتنظيم طرح¬ها و برنامه هاي جلو گيري از انتشار و انتقال آفات.
برنامه ريزي و ايجاد هماهنگي در اقدامات مشترك و مؤثر ملي، منطقه اي و بين المللي براي جلوگيري از گسترش و ورود آفات نباتي و فرآورده هاي گياهي و باغي به مناطق عاري از آلودگي.  
توسعه وتقويت پست¬هاي قرنطينه گياهي و آزمايشگاه¬هاي مرجع بويژه در مبادي ورودي وخروجي.
انجام مطالعات وبررسي هاي لازم به منظور رديابي عوامل خسارت زاي قرنطينه اي وتعيين روش¬هاي مهار آنها مطابق با آخرين يافته هاي علمي جهان ونظارت بر حسن اجراء آنها
مطالعه، بررسي وجمع آوري اطلاعات مربوط به پراكنش آفات وبيماري¬هاي گياهي رايج كشور.
مشاركت در تعيين پراكندگي آفات، تشخيص وتعيين نقشه مناطق عاري از آلودگي به آفات مهم واساسي در مناطق مختلف كشور.
نظارت برحسن اجراي دستورالعمل¬هاي فني و استانداردهاي بين المللي بهداشت نباتي محصولات كشاورزي وفرآورده هاي گياهي و اندام هاي تكثير شونده گياهي
همكاري باسازمان¬هاي تخصصـــــي بين المللي مرتبط با وظايف سازمان حفظ نباتات ونيز حضور فعال در
 معاهده ها وپروتكلهاي بين المللي ذيربط از جمله: (I.P.P.C)، (S.W.A.C)، (D.L.C.C)، (P.O.P.S) وكنوانسيون بين المللي رتردام (P.I.C)، كنوانسيون بين المللي وين، پروتكل مونترال و.....
فراهم آوردن موجبات هماهنگي فعاليت¬هاي واحدهاي حفظ نباتات و قرنطينه گياهي مستقر در استان¬ها در چارچوب برنامه هاي تعيين شده از طريق سازمان جهاد كشاورزي استان¬ها.
تدوين، تاليف و انتشار كتب و جزوات آموزشي ترويجي شيوه هاي مبارزه با آفات عمومي وهمگاني.
توانمند سازي بهربرداران و نهادهاي غير دولتي در امر كنترل آفات و بيماري¬هاي گياهي و علف¬هاي هرز.
اجراي مصوبات شوراي حفظ نباتات.
فراهم نمودن دبيرخانه هئيت نظارت بر سموم ومديريت هئيت نظارت بر سموم و اجراي مصوبات آن.