الف) اهداف اساسی سازمان:
حفظ كشور از ورود، استقرار و پراكنش آفات و بيماريهاي قرنطينه¬اي با اتخاذ تدابير و خط¬مشي هاي مناسب.
ب) وظایف اساسی سازمان:
تعيين سياست ها وخط مشي هاي سازمان حفظ نباتات درچارچوب استراتژي ها و سياستهاي وزارت جهاد كشاورزي
برنامه ريزي، سياستگذاري، هدايت و نظارت بر عمليات پيشگيري و مهار آفات
برنامه ريزي به منظور كاهش ضايعات ناشي از خسارت آفات بر محصـــولات كشاورزي و فرآورده هاي آنها.
مشاركت، همكاري و هماهنگي با ساير ارگانهاي ذيربط به منظور تأمين وحفظ بهداشت و سلامت محصولات كشاورزي و فرآورده هاي گياهي.
برنامه ريزي و مبارزه با آفات عمومي و قرنطينه اي و مشاركت در مبارزه با آفات همگاني.
تدوين دستور العمل مهار آفات خصوصي در چارچوب خط ومشي هاي كلي سازمان حفظ نباتات و تلاش در جهت ترويج و نيز نظارت برحسن اجراي آنها.
مطالعه و بررسي جايگاه و اهميت هر يك از روشهاي، زراعي، مكانيكي، فيزيكي، شيميايي و بيـولوژيك در كنترل هر يك از آفات مهم در قالب مديريت تلفيقي.
مطالعه و برنامه ريزي و گسترش روش ها و شبكه هاي مراقبت و پيش آگاهي به منظور مقابله و مهار مؤثرتر و به موقع آفات
مطالعه و برنامه ريزي به منظور مهار آفات مزارع، باغها، جنگل ها و مراتع با توسعه وگسترش روش هاي غير شيميايي و كاربرد مواد وعوامل بيولوژيك و استفاده بهينه از سموم شيميايي با رعايت اصول و مباني زيست محيطي.
هدايت برنامه هاي كنترل آفات نباتي با استفاده علمي و موزون از كليه روش هاي توصيه شده با رويكرد مديريت تلفيقي آفات (I.P.M)
مطالعه، سياستگذاري، برنامه ريزي و تدوين شاخص هاي كنترل كيفيت سموم به منظور ثبت سموم كم خطر و اختصاصي، حذف سموم پر خطر و وسيع الطيف از ليست سموم مجاز كشور.
نظارت دقيق بر واردات، توليد و فرموله كردن، توزيع، فروش ومصرف و صادرات سموم آفت كش¬ها.
مطالعه وبررسي مستمر به منظور ثبت سموم جديد و حذف سموم پرخطر از فهرست سموم مجاز كشور.
انتشار ساليانه فهرست سموم مجاز كشور.
نظارت مستمر بر كنترل كيفي سموم آفت كش¬هاي مجاز از طريق روش¬هاي آزمايشگاهي و مزرعه¬اي.
نظارت كامل برفعاليت كارخانه هاي توليد كننده تكنيكال سموم (ماده مؤثره سموم) كارخانه هاي فرموله كننده سموم وفروشگاه هاي مجاز سموم آفت كش، آ‍ز مايشگاه¬هاي گياه¬پزشكي وشركت¬ها وموسسات دفع آفات نباتي.
تحليل و ارزيابي خطر آفات قرنطينه اي.
مشاركت فعال در اجراء مفاد پروتكل ايمني زيستي در چارچوب وظايف سازمان حفظ نباتات.
نظارت وتدبير مؤثر براي جلوگيري از گسترش و ورود آفات و فرآورده هاي گياهي به كشور و ترويج اقدامات مناسب براي كنترل آنهاتهيه وتنظيم طرح¬ها و برنامه هاي جلو گيري از انتشار و انتقال آفات.
برنامه ريزي و ايجاد هماهنگي در اقدامات مشترك و مؤثر ملي، منطقه اي و بين المللي براي جلوگيري از گسترش و ورود آفات نباتي و فرآورده هاي گياهي و باغي به مناطق عاري از آلودگي.
توسعه وتقويت پست¬هاي قرنطينه گياهي و آزمايشگاه¬هاي مرجع بويژه در مبادي ورودي وخروجي.
نظارت بر چگونگي انجام مراحل توليد گياهان تراريختــه از مرحله كلو نينگ تا بررسي هاي گلخانه اي و مزرعه اي محصول وهمكاري لازم در بررسي وتحليل خطرات احتمالي اين گياهان از جنبه هاي وظايف مرتبط با سازمان.
انجام مطالعات وبررسي هاي لازم به منظور رديابي عوامل خسارت زاي قرنطينه اي وتعيين روش¬هاي مهار آنها مطابق با آخرين يافته هاي علمي جهان ونظارت بر حسن اجراء آنها
مطالعه، بررسي وجمع آوري اطلاعات مربوط به پراكنش آفات وبيماري¬هاي گياهي رايج كشور.
مشاركت در تعيين پراكندگي آفات، تشخيص وتعيين نقشه مناطق عاري از آلودگي به آفات مهم واساسي در مناطق مختلف كشور.
نظارت برحسن اجراي دستورالعمل¬هاي فني و استانداردهاي بين المللي بهداشت نباتي محصولات كشاورزي وفرآورده هاي گياهي و اندام هاي تكثير شونده گياهي
همكاري باسازمان¬هاي تخصصـــــي بين المللي مرتبط با وظايف سازمان حفظ نباتات ونيز حضور فعال در
معاهده ها وپروتكلهاي بين المللي ذيربط از جمله: (I.P.P.C)، (S.W.A.C)، (D.L.C.C)، (P.O.P.S) وكنوانسيون بين المللي رتردام (P.I.C)، كنوانسيون بين المللي وين، پروتكل مونترال و.....
فراهم آوردن موجبات هماهنگي فعاليت¬هاي واحدهاي حفظ نباتات و قرنطينه گياهي مستقر در استان¬ها در چارچوب برنامه هاي تعيين شده از طريق سازمان جهاد كشاورزي استان¬ها.
تدوين، تاليف و انتشار كتب و جزوات آموزشي ترويجي شيوه هاي مبارزه با آفات عمومي وهمگاني.
توانمند سازي بهربرداران و نهادهاي غير دولتي در امر كنترل آفات و بيماري¬هاي گياهي و علف¬هاي هرز.
اجراي مصوبات شوراي حفظ نباتات.
فراهم نمودن دبيرخانه هئيت نظارت بر سموم ومديريت هئيت نظارت بر سموم و اجراي مصوبات آن.